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分子动力学模拟服务

分子动力学模拟
Molecular Dynamics (MD) Simulation
分子动力学模拟

分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套分子模拟方法,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,研究者得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟,我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充,广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。

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药物设计中的分子动力学

导语

分子动力学(MD)模拟是基于结构的药物设计的有用工具。一些情况下,在对接之前已经进行了蛋白质靶标的MD模拟以产生与晶体结构不同的可用蛋白质构象异构体。此外,在对接后进行MD模拟,评估命中化合物的预测结合模式作为最终在计算中和引导化学合成用于命中优化的过滤器。

 

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基于蛋白结构的ADMET预测

导语

药物化学项目最理想的目标是实现高效力和理想的安全性,为了达到这些目标,候选分子必须与主要靶点或靶标形成最佳的相互作用,并避免与反靶点不必要的相互作用。与非靶标的相互作用导致不期望的毒理事件。吸收(absorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)、排泄(excretion)和药代动力学(pharmacokinetics,PK)对功效和安全性都有显着影响,它们通常缩写为ADMET

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基于分子对接、分子动力学和MM-PBSA计算预测双重抑制剂

  人类免疫缺陷病毒1型蛋白酶(HIV-1 PR)和肾素分别是艾滋病和高血压治疗的主要靶标。

 

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