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生物医药计算平台
面向科研人员的专业计算平台，零基础也能快速掌握，让科研更简单
计算方案
集成并持续拓展丰富的专家解决方案，解决国内外校企科研人员的计算难题，让计算专家和技术小白都能快速使用、各得所需。
分子对接
Molecular
Docking
分子动力学
Molecular
Dynamics
虚拟筛选
Virtual
Screening
量化计算
Quantum
Chemistry
构象搜索
Conformational
Search
ECD/NMR
ECD/NMR
Analysis
核心技术
Key Technologies
分子对接与虚拟筛选
Molecular Docking & Virtual Screening (VS)
分子对接是一种基于结构的药物设计方法，广泛用于受体与配体的结合模式研究和亲和力预测以及苗头化合物的虚拟筛选。殷赋云平台集成了齐全的分子对接计算方案，拥有强大的分析功能，点击鼠标即在线完成计算任务。虚拟筛选方案更内置了大型化合物库，调用上千核CPU并行计算，将筛选周期缩短至数小时，不仅节省时间，还极大提升命中率。
分子动力学
Molecular Dynamics (MD) Simulation
分子动力学是一套基于牛顿力学的分子模拟方法，是研究凝聚态系统的有力工具，广泛应用于生物化学体系的相互作用研究、蛋白运动与多肽折叠模拟、自组装模拟、结合自由能计算等等场景。殷赋云平台集成了经典分子动力学方案和轨迹分析工具，通过标准化、智能化的操作界面，极大地降低了学习门槛。
量子化学计算
Quantum Chemistry (QC)
量子化学计算使用电子结构模型研究化学现象，探究其物理本质，进行诸如化学性质预测、化学反应机理研究、光谱预测、激发态计算等分析工作。殷赋云平台集成了量化计算方案和丰富的分析工具，支持基态和激发态几何优化、振动频率分析、单点能计算、多种光谱计算（NMR、ECD、UV、VCD、IR、Raman、ROA、ORD）以及RESP电荷拟合等。
辅助工具
Auxilliary Tools
殷赋云计算平台除了提供精心设计的综合方案之外，还提供了免费小工具，方便用户灵活使用。相比于桌面软件，殷赋云平台的计算工具，就像一个个得力助手，其功能都是专家们凭借大量实践经验，根据实际应用场景开发而成。工具之间相互衔接、相互兼容，使用极为便利 。
分子结构
- 搜索蛋白质
- 准备化合物结构
- 处理PDB结构
- 识别结合位点
- 准备多肽结构
分子动力学
- 处理PDB结构
- 添加原子电荷
- 准备Amber
波谱分析
- ECD/UV拟合
- ECD/UV作图
- NMR回归分析
- 光谱平滑滤波
- 提取比旋光度
量化计算
- 提取电子能量数据
- 提取振动频率数据
- 提取原子坐标数据
常见问题
精选博文
分子动力学在酚类化合物-葡萄糖苷酶作用机制中的研究
研究人员从糙米提取物中筛选出了7种对α-葡萄糖苷酶具有抑制作用的酚类化合物。研究人员运用分子对接计算方案分析了酚类化合物与酶之间的相互作用力，包括氢键、疏水作用和离子键（盐桥）。进一步应用分子动力学模拟方案探索了酚类化合物与葡萄糖苷酶复合物的结构特征和分子性质。
运用分子对接成功筛选减缓细胞衰老的天然产物
研究人员发现一种长链非编码RNA（Hnscr） 。它的耗竭可引起下丘脑神经干细胞衰老，并诱发小鼠出现衰老表型。他们运用蛋白质互作实验确证了与Hnscr具有高度亲和力的一种蛋白YB-1，并通过分子模拟和虚拟筛选找到了与YB-1相互作用的天然化合物，为设计研发改善衰老相关病变的药物提供了理论依据。
用分子对接研究双酚类似物和牛血清白蛋白的相互作用
研究人员以牛的血清白蛋白（BSA）为模型转运蛋白，采用实验结合分子对接的方法，开展了双酚类似物（BPs）与牛血清白蛋白（BSA）的相互作用机制研究，深入探究了BPs在血液转运过程中对载体蛋白的蛋白质构象的影响。实验和计算模拟结果相得益彰，为新型双酚的应用研发和潜在内分泌细胞的识别提供了参考。