【小工具教程】搜索蛋白质

【小工具教程】搜索蛋白质

用途

从Uniprot和RCSB PDB数据库中搜索蛋白记录,获取PDB结构。

入口

平台地址:https://cloud.yinfotek.com/

功能入口:左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【搜索蛋白质】

步骤

1. 搜索Uniprot蛋白记录

有两种搜索方式:

  • 简单搜索选择 物种,输入任意 关键词,点击

  • 高级搜索选择 高级搜索,填写选项,点击【搜索】。

2. 搜索PDB蛋白结构

从Uniprot记录表中选择符合研究实际的蛋白记录,点击【搜索PDB】。

若已知Uniprot获取号(AC),可直接切换到【搜索PDB】页面,输入编号进行搜索。

3. 从PDB记录表中查找合适的蛋白结构,必要时,选择该行,点击【查看PDB】了解其结构信息,点击【下载PDB】可下载文件。

本功能主要为分子对接、分子动力学模拟等需要蛋白质三维结构的计算工作而准备。当有多个蛋白PDB结构可供选择时,一般选择含有配体的、分辨率高(数值小)的X射线衍射晶体结构;其次,还可考虑 R(free)和 R(work),选择数值较小的。通过缩略图(点击可放大)可大致直观了解蛋白结构情况(比如,是否完整,是否多聚体,是否含有核酸、配体小分子)。

举例:假设通过实验发现某个蛋白的抑制剂小分子,拟进行分子对接计算探究其机理。

当可选PDB结构较多时,挑选结构较为完整(可对比 残基数与Uniprot记录中的 序列长度)、包含活性位点(查看配体所在位置是否为预期的活性位点)、 分辨率最小的晶体结构。若该结构没有配体分子,可另找有配体的晶体结构,了解共晶配体的位置(氨基酸编号)。最后,用分辨率最小的晶体结构做对接,用配体分子或了解到的位置信息定义口袋

注意:某种蛋白可能既有激动剂又有拮抗剂,或者含有多个配体,其中某些只是助溶剂、溶剂分子、金属配合物,要注意分辨共晶配体属于哪一类(查看 标题或点击 PDB编号跳转到RCSB PDB网站,查看文献摘要)。