【小工具教程】准备多肽结构
用途
从氨基酸序列生成三维结构,或上传多肽分子文件,进行能量优化,获得良好的三维结构。
注意:本功能不涉及二级结构预测,但可用该三维结构做进一步模拟计算(如,分子动力学模拟),获得二级结构。
入口
平台地址:https://cloud.yinfotek.com/
功能入口:左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【准备多肽结构】
步骤
1. 输入多肽结构,有两种方式:
A.输入多肽序列点击 氨基酸画板
中的按钮,或者直接 从文件读取
(fasta格式文件),即在下方自动填入氨基酸序列。
B.上传多肽文件可上传fasta格式的序列文件,让小工具从头生成三维结构;也可以上传包含原子坐标的pdb等格式的分子文件,进行能量优化。
2. 当选择输入序列时,需要设置氮(N)端和碳(C)端的封端方式。
N端:
NH3+
指以质子化氨基(-NH3+ )封端,ACE
指以乙酰基(-C(=O)-CH 3 )封端。C端:
COO-
指以去质子化羧基(-COO – )封端,NHE
指以中性氨基(-NH )封端,NME
以中性甲胺(-NH-CH )封端。
3. 填写 输出文件名
,选择 文件格式
,点击【提交】;
4. 观察多肽三维结构,下载多肽结构文件。