【小工具教程】准备多肽结构

【小工具教程】准备多肽结构

用途

从氨基酸序列生成三维结构,或上传多肽分子文件,进行能量优化,获得良好的三维结构。

注意:本功能不涉及二级结构预测,但可用该三维结构做进一步模拟计算(如,分子动力学模拟),获得二级结构。

入口

平台地址:https://cloud.yinfotek.com/

功能入口:左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【准备多肽结构】

步骤

1. 输入多肽结构,有两种方式:

A.输入多肽序列点击 氨基酸画板中的按钮,或者直接 从文件读取(fasta格式文件),即在下方自动填入氨基酸序列。

B.上传多肽文件可上传fasta格式的序列文件,让小工具从头生成三维结构;也可以上传包含原子坐标的pdb等格式的分子文件,进行能量优化。

2. 当选择输入序列时,需要设置氮(N)端和碳(C)端的封端方式。

N端: NH3+指以质子化氨基(-NH3+  )封端, ACE指以乙酰基(-C(=O)-CH 3 )封端。

C端: COO-指以去质子化羧基(-COO – )封端, NHE指以中性氨基(-NH  )封端, NME以中性甲胺(-NH-CH  )封端。

3. 填写 输出文件名,选择 文件格式,点击【提交】;

4. 观察多肽三维结构,下载多肽结构文件。