【小工具教程】处理PDB结构

【小工具教程】处理PDB结构

用途

处理生物大分子PDB结构:修复残基、添加氢原子、分离受体和配体(若有)、剔除多余结构(如:水分子、助溶剂)。

入口

平台地址:https://cloud.yinfotek.com

功能入口:平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【处理PDB结构】

步骤

  1. 输入PDB结构,有两种方式:

    • 输入PDB ID;

    • 上传PDB文件。

  2. 点击【确定】;

  3. 选择模型(构象);

  4. 勾选需要剔除的链或残基,点击【删除】;

  5. (勾选)勾选需要重新分配的残基,点击左右箭头进行切换

    平台默认已将受体和配体的残基分列左右框,应根据实际情况进行调整。

  6. 点击【准备】;

  7. 下载分子结构文件。