【小工具教程】处理PDB结构

【小工具教程】处理PDB结构

用途

处理生物大分子PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。

入口

平台地址：https://cloud.yinfotek.com

功能入口：平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【处理PDB结构】

步骤

1. 输入PDB结构，有两种方式：

   • 输入PDB ID；

   • 上传PDB文件。

2. 点击【确定】；

3. 选择模型（构象）；

4. 勾选需要剔除的链或残基，点击【删除】；

   

5. （勾选）勾选需要重新分配的残基，点击左右箭头进行切换

   平台默认已将受体和配体的残基分列左右框，应根据实际情况进行调整。

6. 点击【准备】；

7. 下载分子结构文件。