【小工具教程】准备化合物结构

【小工具教程】准备化合物结构

用途

为化合物添加氢原子、偏电荷、生成优化的3D结构,为后续的模拟计算提供良好的初始结构。

入口

平台地址:https://cloud.yinfotek.com

功能入口:平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【准备化合物结构】

步骤

  1. 输入化合物结构,有三种方式:

    • 绘制化学结构

      1. 在画板中绘制化学结构;

        注意:有手性的分子,要使用楔形键标示正确。

      2. 填写分子名称,点击【添加】;

      3. 重复上述步骤,添加其他化合物。

    • 上传分子文件

    • 输入SMILES

      从文件读取或直接填写SMILES。

  2. 点击【准备】;

  3. 仔细核验右侧视图中的化合物3D结构;

  4. 下载化合物结构文件。