为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。
检查并修复PDB文件中常见的结构问题，为分子对接、分子动力学模拟等计算提供良好的三维结构。
为有机小分子添加原子电荷，并检查是否存在Amber GAFF力场所没有的拓扑参数。本工具提供两种计算电荷的方法——RESP拟合静电势和AM1-BCC。
从氨基酸序列生成三维结构，或上传多肽分子文件，进行能量优化，获得良好的三维结构。
采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸中潜在的小分子结合位点，输出文件可用于分子对接定义口袋。
处理生物大分子PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。
为化合物添加氢原子、偏电荷、生成优化的3D结构，为后续的模拟计算提供良好的初始结构。
将计算的电子圆二色谱（ECD）/紫外光谱（UV）与实验图谱拟合、比较，判断化合物绝对构型。
将计算的核磁（NMR）数据与实验数据做回归分析，判断化合物结构或相对构型。
在线定制图谱样式，制作出版级别的高质量ECD/UV图谱。
