小工具

【小工具教程】准备Amber文件

用途

为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。

【小工具教程】处理PDB结构（进阶版）

用途

检查并修复PDB文件中常见的结构问题，为分子对接、分子动力学模拟等计算提供良好的三维结构。

【小工具教程】添加原子电荷

用途

为有机小分子添加原子电荷，并检查是否存在Amber GAFF力场所没有的拓扑参数。本工具提供两种计算电荷的方法——RESP拟合静电势和AM1-BCC。

【小工具教程】识别结合位点

用途

采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸中潜在的小分子结合位点，输出文件可用于分子对接定义口袋。

【小工具教程】NMR回归分析

用途

将计算的核磁（NMR）数据与实验数据做回归分析，判断化合物结构或相对构型。

【小工具教程】搜索蛋白质

用途

从Uniprot和RCSB PDB数据库中搜索蛋白记录，获取PDB结构。

【小工具教程】ECD/UV拟合

用途

将计算的电子圆二色谱（ECD）/紫外光谱（UV）与实验图谱拟合、比较，判断化合物绝对构型。

【小工具教程】提取量化数据

用途

从量化计算主流程序（包括Gaussian、ORCA、GAMESS-US和NWChem）的输出文件中提取基本数据，如：电子能量、振动频率、原子坐标。发表文章用到量化计算时，通常需要在支持信息（Supporting Information）中提供这些数据，本工具为此提供便利。

【小工具教程】ECD/UV作图

【小工具教程】处理PDB结构

用途

处理生物大分子PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。