小工具

【小工具教程】准备Amber文件

用途

为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系,暂不支持膜蛋白。

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【小工具教程】处理PDB结构(进阶版)

用途

检查并修复PDB文件中常见的结构问题,为分子对接、分子动力学模拟等计算提供良好的三维结构。

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【小工具教程】添加原子电荷

用途

为有机小分子添加原子电荷,并检查是否存在Amber GAFF力场所没有的拓扑参数。本工具提供两种计算电荷的方法——RESP拟合静电势和AM1-BCC。

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【小工具教程】识别结合位点

用途

采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸中潜在的小分子结合位点,输出文件可用于分子对接定义口袋。

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【小工具教程】NMR回归分析

用途

将计算的核磁(NMR)数据与实验数据做回归分析,判断化合物结构或相对构型。

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【小工具教程】搜索蛋白质

用途

从Uniprot和RCSB PDB数据库中搜索蛋白记录,获取PDB结构。

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【小工具教程】ECD/UV拟合

用途

将计算的电子圆二色谱(ECD)/紫外光谱(UV)与实验图谱拟合、比较,判断化合物绝对构型。

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【小工具教程】提取量化数据

用途

从量化计算主流程序(包括Gaussian、ORCA、GAMESS-US和NWChem)的输出文件中提取基本数据,如:电子能量、振动频率、原子坐标。发表文章用到量化计算时,通常需要在支持信息(Supporting Information)中提供这些数据,本工具为此提供便利。

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【小工具教程】ECD/UV作图

用途

在线定制图谱样式,制作出版级别的高质量ECD/UV图谱。

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【小工具教程】处理PDB结构

用途

处理生物大分子PDB结构:修复残基、添加氢原子、分离受体和配体(若有)、剔除多余结构(如:水分子、助溶剂)。

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