【量化计算教程】量化计算(Gaussian 09)

【量化计算教程】量化计算(Gaussian 09)

用途

采用Gaussian 09程序进行量子化学计算。已实现的作业类型包括:单点能、几何优化、振动频率、ECD/UV、NMR、比旋光度计算。

商业软件版权说明:Gaussian 09为商业软件,我司只提供计算资源与服务,不提供安装包和版权,请用户自觉遵守软件版权相关协议。需要购买Gaussian软件请联系客服。

入口

平台地址:https://cloud.yinfotek.com/

功能入口:平台左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【量化计算】->【量化计算(Gaussian 09)】

步骤

1. 上传分子结构文件

上传具有良好3D结构的分子文件,支持mol、mol2、pdb、sdf和sd格式。

2. 设置净电荷自旋多重度和选择溶剂模型

此三项为统一设置,对所有分子有效。因此,上传的分子结构须具有同一性质,不同性质(比如,电荷不同)的分子结构应分别建立任务进行计算。

  • 自旋多重度 = 单电子数 + 1。除了自由基、三重态氧等特殊情况,绝大多数有机化合物的自旋多重度都是1。
  • 溶剂模型为预设项,须指定溶剂方有效,详见下面介绍。

3. 设置计算步骤

添加计算步骤,选择 作业类型、 理论方法、 基组和 环境。各作业类型的含义是:

  • Optimization:几何优化
  • Frequency:振动频率分析
  • ECD/UV:ECD/UV计算
  • NMR:NMR计算
  • ORD:旋光色散计算,即比旋光度计算。

环境栏中,Gas表示气相,具体溶剂表示采用上述溶剂模型来模拟溶剂效应。

  • 多步骤自上而下依次进行,每一步都会产生相应的数据,保存在同一个文件中。
  • 今后将继续增加Gaussian 09常用的作业类型。

本图仅为展示现有作业类型和常见设置,请根据实际情况进行调整。

4. 添加高级配置

个别 作业类型还需额外设置。点击 高级配置栏的【添加】,在弹出的对话框中按提示设置。

例如,ECD/UV计算需要选择激发态数目,默认为30个。激发态数目越多,ECD/UV图谱覆盖的波长范围越广(从长波长到短波长),同时,计算量(时间)也越大。

又如,ORD计算需要指定入射波长。通常,实验所用的光源是钠灯D线,即589.3 nm。若有其他波长,可选择或填写。

5. 点击【提交】,选择支付方式,点击【确认】,提交任务。

注意:本方案为后付费模式,按每个分子的实际计算时间进行扣费,请确保账户余额足够。

1、若不清楚总费用是否足够,可先计算一个构象分子,通过【用户中心】-【费用账单】查看其实际费用,然后确定需要计算的构象分子数目和估计总费用。

2、当账户可用余额< 100元时,平台会发出预警通知,欠费时发出欠费通知,严重欠费时将立即终止任务。默认为短信通知,可在平台左侧菜单栏【设置】->【消息提醒】->【计算】处设置其他通知方式。

6. 在 文件列表可下载所有计算文件。