【分子对接教程】小分子-小分子对接（Vina）
用途
使用Autodock Vina程序进行分子对接计算，研究小分子与小分子（主-客体）的结合模式与相互作用。例如，研究环糊精与药物小分子的包埋、两个有机小分子之间的相互作用、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。
预备知识
分子对接的算法流程
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将配体放置在受体口袋中，搜索/调整配体构象，获得可能的结合构象；
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对每种结合构象进行打分评估，筛得若干最佳打分构象，称为
姿势（Pose）或模式（Mode）。
定义口袋
方式：设置一个盒子将口袋包裹住，配体分子将在此盒子内进行分子对接（搜索构象和打分评价）。
计算模式
本方案提供3种计算模式：
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柔性配体对接
这是最主要、最常用的功能，对应的是上述
分子对接算法流程中的两个环节。 -
原位优化
当配体分子（的坐标）已在口袋中，使用该模式可在受体存在的情况下，优化配体的构象并获得打分。
常用于优化晶体结构中的配体、手动对接或其他软件对接的结果、研究局部化学修饰对配体结合的影响。
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打分评价
当配体分子（的坐标）已通过某种方式位于口袋，使用该模式对其结合构象进行打分评价。
常用于比较不同软件的对接结果、评价某种结合构象的优劣。
对接打分
Autodock Vina的对接打分是Affinity，该值越小表示结合力越强。
注意：Affinity打分是以生物大分子-有机小分子体系的实验数据拟合得到的，在《蛋白/核酸/多肽-小分子对接（Vina ）》一文中提到的经验法则不适用于小分子-小分子体系，但其相对值仍可用作结合力分析的参考指标。
入口
平台地址：https://cloud.yinfotek.com
功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【分子对接】->【小分子-小分子对接 Vina】
步骤
配置任务
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上传受体和配体文件
1、两者须事先处理，可参考《准备化合物结构》教程。
2、对于环糊精这类分子，用户可从Crystallography Open Database (COD)数据库（http://nanocrystallography.org/或http://crystallography-online.com/）找到它（或类似物）的晶体结构，再自行处理或使用【准备化合物结构】小工具处理；
3、对于聚酰胺膜这类较大较复杂的分子，用户应自行准备，本平台暂无相应工具。
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定义对接口袋，有三种方式：
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指定参数
若已获悉盒子的坐标和尺寸，可直接填写
盒子中心坐标和选择盒子大小边长。 -
上传文件
上传一个分子坐标文件，以指定盒子中心。
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以受体为位点
以受体中心为位点，不必额外上传文件。
例如：受体为环糊精，预期配体结合在其内部空腔中，可用此方式。
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点击【显示盒子】；
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观察视图中的盒子
盒子是否足够大，能否把口袋（或整个受体）完全包裹，能否完全容纳配体分子？若否，调整
盒子中心或盒子大小，点击【显示盒子】或重新执行上一步。
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选择【计算模式】及设置其他参数
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能量范围：输出构象间的最大能量差，数值越小，得到的构象越少；
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搜索极限：构象搜索的穷尽度，当配体结构拥有较多可旋转键（柔性较强）时，应增大该值；
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随机种子：控制输出结果的随机性。默认为空，即产生随机结果；若设置为正整数，则结果可重现。
如无特殊要求，选择默认的“柔性配体对接”计算模式和默认参数即可。
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点击【提交】，选择支付方式后，点击【确认】。
分析结果
计算完毕后，从【我的项目】->【项目列表】->【项目详情】找到任务，点击【查看】，进入分析页面。
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查看打分
查看打分列表，了解各个构象的打分分布情况，比较各个化合物的打分差异。
RMSD：表示各构象相对于最佳构象（Pose 1）的重原子（除氢原子外的其他原子）空间位置差异程度。
RMSD_ub：RMSD upper bound，即构象间原子严格对应的RMSD（忽略对称性），常用于非对称分子；
RMSD_lb：RMSD lower bound，即构象间原子最佳RMSD（考虑对称性），常用于对称分子。
注意：在普通分析中，大可不必考虑该RMSD。
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分析相互作用
通过
视图分析受体-配体间相互作用，挑选符合预期、能够解释问题的结合模式。通过控制面板调整显示样式，点击【截图】下载高清图片。
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提取构象
选择你要提取的化合物构象，填写
输出文件名，点击【提取】。该功能主要用于提取对接结果用于其他分析。
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合成复合物
步骤同
提取构象。该功能主要用于生成受体与对接结果的复合物，用于其他分析。
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文件列表
从这里可以下载所有计算文件。
