大方案

【分子动力学教程】分析Amber轨迹(一)

用途

分析Amber分子动力学轨迹,内容包括:RMSD、RMSF、B因子、氢键、回转半径、RDF以及距离、角度、二面角等几何指标的测量。

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【分子动力学教程】处理Amber轨迹

用途

处理Amber分子动力学轨迹,方便后续分析。功能包括:轨迹合并、采样、重设时间、截取部分原子、删除水和离子、成像居中和构象叠合。

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【分子动力学教程】结合自由能计算(MM/PB(GB)SA)

用途

采用MM/PB(GB)SA方法对常规分子动力学轨迹进行结合自由能计算和能量分解,暂不支持计算熵、不支持膜蛋白。

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【分子动力学教程】分子动力学模拟(Amber 20)

用途

使用Amber 20程序执行有机生物体系的常规平衡态分子动力学模拟,可采用显式溶剂模型和隐式溶剂模型(GB模型)。

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【量化计算教程】量化计算(ORCA 4.2)

用途

采用ORCA 4.2程序进行量子化学计算。已实现的作业类型包括:单点能、几何优化、振动频率、ECD/UV、NMR、红外(IR)和拉曼光谱(Raman)计算。

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【量化计算教程】量化计算(Gaussian 09)

用途

采用Gaussian 09程序进行量子化学计算。已实现的作业类型包括:单点能、几何优化、振动频率、ECD/UV、NMR、比旋光度计算。

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【构象搜索教程】小分子构象搜索

概述

研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要,在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中,通常是必不可少的步骤。本方案提供3种构象搜索算法以应对各种类型的有机小分子化学结构:系统搜索(Systematic Search)随机搜索(Stochastic Search)自定义搜索(Custom Search)

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【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

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【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK 6.9)

用途

使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

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【分子对接教程】小分子-小分子对接(Vina)

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、两个有机小分子之间的相互作用、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。

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