大方案

【构象搜索教程】小分子构象搜索

概述

研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要,在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中,通常是必不可少的步骤。本方案提供3种构象搜索算法以应对各种类型的有机小分子化学结构:系统搜索(Systematic Search)随机搜索(Stochastic Search)自定义搜索(Custom Search)

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【分子对接教程】小分子-小分子对接(Vina)

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、两个有机小分子之间的相互作用、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。

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【分子对接教程】小分子-小分子对接(DOCK 6.9)

用途

使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。

注意:两个简单小分子之间可能因无法生成小球、定义口袋而无法进行分子对接计算,请考虑采用【小分子-小分子对接(Vina)】方案。

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【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

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【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK 6.9)

用途

使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

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