药效团服务

药效团
Pharmacophore
药效团

药效团(pharmacophore)是指药物活性分子中对活性起着重要作用的“药效特征元素”及其空间排列形式。药效团方法是一种最为常用有效的药物分子设计方法。

药效团特征元素主要有:氢键供体、氢键受体、正负电荷中心、芳环中心、疏水基团、亲水集团和体积碰撞。一个有效的药效团模型,一般包含3~5个关键的药效团元素。药效团模型是这些特征元素的空间排布。药效团的识别主要有两种方法,一种是基于受体结构信息,即分析受体与药物分子的作用模式,来推断可能的药效团结构;另一种是在受体未知或作用机制尚不明确的情况下,对一系列化合物进行药效团研究,通过构象分析、分子叠合等方法,归纳得到对化合物活性其关键作用的一些基团的信息。

良好的药效团模型简明扼要地指出药物分子与生物大分子之间的相互作用模式,无论在药物设计或虚拟筛选中,都有着无可替代的地位。因其高效的筛选速度,药效团通常作为虚拟筛选策略中排在前面的一层过滤漏斗,如作为分子对接前的高效富集过滤手段。

实际上,药效团与三维定量构效关系模型本质相同。药效团可以理解为离散的构效关系特征,定量构效关系模型则是连续的构效关系特征。在进行高级的分子对接研究、构效关系研究中,往往已采用药效团的视角来分析问题。

采用药效团方法可快速富集活性化合物,提高筛选的命中率。同时,相对定量构效关系方法而言,它更能发现新型化合物,是一种常用有效的药物设计方法。

  建立基于配体的药效团模型的基本流程

  1. 活性化合物准备(条件允许时,最好获得化合物的活性数据);
  2. 构象分析与叠合;
  3. 建立药效团模型;
  4. 统计学检验(如回归分析、筛选性能测试);
  5. 根据模型设计新化合物,或对化合物库进行虚拟筛选。

  建立基于受体的药效团模型的基本流程

  1. 获取受体-配体复合物结构;
  2. 叠合复合物结构;
  3. 建立药效团模型;
  4. 统计学检验(如回归分析、筛选性能测试);
  5. 根据模型设计新化合物,或对化合物库进行虚拟筛选。

殷赋科技在定量构效关系研究方面拥有丰富的实践经验和核心技术,为广大科研工作者提供高效高质量的技术服务,欢迎垂询!