生物医药计算工具
分子对接（Molecular Docking）
AutoDock：http://autodock.scripps.edu/
AutoDock Vina：http://vina.scripps.edu/index.html
DOCK6：http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm
分子动力学（Molecular Dynamics）
Amber：http://ambermd.org/
Gromacs：http://www.gromacs.org/
NAMD：http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
可视化（Visualization）
Pymol：http://www.pymol.org/
Chimera：http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
VMD：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
其它
Open Babel：http://openbabel.org/wiki/Main_Page