本教程以丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase)B-Raf 为例,演示如何使用“殷赋科技 Dock6 计算平台”(以下简称“本平台”)进行蛋白-配体结合模式预测。
所用蛋白晶体结构为野生型 B-Raf(以下简称“蛋白”)和抑制剂 BAY43-9006(以下简称“小分子”)的复合物。通过本平台将小分子对接到 B-Raf 的口袋中,采用 RMSD 计算比较小分子的预测结构与晶体构象的差异,采用相互作用分析研究蛋白-小分子的结合模式。
AutoDock:http://autodock.scripps.edu/
AutoDock Vina:http://vina.scripps.edu/index.html
DOCK6:http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm
Amber:http://ambermd.org/
Gromacs:http://www.gromacs.org/
NAMD:http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
Pymol:http://www.pymol.org/
Chimera:http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
VMD:http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Open Babel:http://openbabel.org/wiki/Main_Page
RCSB:http://www.rcsb.org
BindingDB:https://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
UniProt:http://www.uniprot.org/
DrugBank:https://www.drugbank.ca/
ZINC15:http://zinc15.docking.org/
PubChem database :https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/