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CADD计算平台1.0教程

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1.背景

 

本教程以丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase)B-Raf 为例,演示如何使用“殷赋科技 Dock6 计算平台”(以下简称“本平台”)进行蛋白-配体结合模式预测。

 

所用蛋白晶体结构为野生型 B-Raf(以下简称“蛋白”)和抑制剂 BAY43-9006(以下简称“小分子”)的复合物。通过本平台将小分子对接到 B-Raf 的口袋中,采用 RMSD 计算比较小分子的预测结构与晶体构象的差异,采用相互作用分析研究蛋白-小分子的结合模式。

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