- 2019年5月23日
- 2019年2月12日
- 2017年10月12日
CADD计算平台1.0教程
1.背景
本教程以丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase)B-Raf 为例，演示如何使用“殷赋科技 Dock6 计算平台”(以下简称“本平台”)进行蛋白-配体结合模式预测。
所用蛋白晶体结构为野生型 B-Raf(以下简称“蛋白”)和抑制剂 BAY43-9006(以下简称“小分子”)的复合物。通过本平台将小分子对接到 B-Raf 的口袋中，采用 RMSD 计算比较小分子的预测结构与晶体构象的差异，采用相互作用分析研究蛋白-小分子的结合模式。
- 2017年8月4日
生物医药计算工具
分子对接（Molecular Docking）
AutoDock：http://autodock.scripps.edu/
AutoDock Vina：http://vina.scripps.edu/index.html
DOCK6：http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm
分子动力学（Molecular Dynamics）
Amber：http://ambermd.org/
Gromacs：http://www.gromacs.org/
NAMD：http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
可视化（Visualization）
Pymol：http://www.pymol.org/
Chimera：http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
VMD：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
其它
Open Babel：http://openbabel.org/wiki/Main_Page
- 2017年8月4日
药物设计相关数据库
蛋白数据库
RCSB：http://www.rcsb.org
BindingDB：https://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
UniProt：http://www.uniprot.org/
小分子数据库
DrugBank：https://www.drugbank.ca/
ZINC15：http://zinc15.docking.org/
PubChem database ：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/