预测蛋白活性口袋的软件

以下是预测蛋白活性口袋的部分软件/算法

软件 类型 方法 网址/文献
POCKET 本地程序 基于“蛋白-溶剂-蛋白事件”(protein-solvent-protein events)的格点扫描 DOI: 10.1016/0263-7855(92)80074-N
Pocket-Finder 本地程序 LIGSITE算法(POCKET算法的延伸,对四个立方对角线进行扫描) http://www.bioinformatics.leeds.ac.uk/pocketfinder
LIGSITEcsc 在线服务 LIGSITE算法的延伸,基于“表面-溶剂-表面”事件与表面残基保守程度的格点扫描 scoppi.biotec.tu-dresden.de/pocket,DOI: 10.1186/1472-6807-6-19
PASS 本地程序 三点康纳利样(Connolly-like)球形几何逐层裂缝填充 DOI: 10.1023/A:100812420
Q-SiteFinder 本地程序 基于蛋白-简单范德华探针相互作用能的结合位点定位 http://www.bioinformatics.leeds.ac.uk/qsitefinder
SURFNET 本地程序 使用探针球填充方法生成分子表面和表面间裂缝 https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/SURFNET/
Fpocket 在线服务 基于泰森多边形(Voronoi tessellation)的几何算法 http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/fpocket/
GHECOM 1.0 在线服务 基于格点的数学形态学算法 https://pdbj.org/ghecom/
ConCavity 在线服务 结合演化序列保守性与3D结构 http://compbio.cs.princeton.edu/concavity/
POCASA 在线服务 基于滚动探针球的蛋白口袋识别算法 http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/
metaPocket 2.0 在线服务 对LIGSITEcs、PASS、Q-SiteFinder、SURFNET、Fpocket、GHECOM、ConCavity和
POCASA等程序结果的一致性评价
https://projects.biotec.tu-dresden.de/metapocket/index.php
SiteHound 在线服务 基于化学探针与分子相互作用场的位点识别算法 http://scbx.mssm.edu/sitehound/sitehound-web/Input.html
MSPocket 本地程序 基于MSMS程序产生的溶剂排除面积(solvent excluded surfaces) https://projects.biotec.tu-dresden.de/MSPocket/
CASTp 在线服务 基于泰森多边形图(Voronoi Diagram)、德罗内三角算法(Delaunay Triangulation)和阿尔法形状(Alpha Shape)的计算几何学算法 http://sts.bioe.uic.edu/castp/calculation.html
CASTpyMOL 本地程序 CASTp的PyMOL插件 http://sts.bioe.uic.edu/castp/plugin.html
PocketDepth 在线服务 基于深度的几何算法 http://proline.physics.iisc.ernet.in/pocketdepth/
AutoDock Vina 本地程序 盲对接(Blind docking) http://vina.scripps.edu/