平台简介

殷赋云计算平台

平台入口

https://cloud.yinfotek.com

平台概述

本平台是殷赋科技自主研发的生物医药云计算平台,集成并持续拓展丰富的专家解决方案,解决国内外院校与研发企业科研人员的计算难题。平台包含完善的综合方案和丰富实用的小工具,提供简明的操作教程,让计算专家和技术小白都能快速入门、各得所需。本平台所有计算任务均在云服务器进行,用户通过浏览器或微信小程序即可随时随地访问使用。
我们致力于打造一个丰富强大、灵活便利的生物医药云计算平台,欢迎各位用户朋友提出宝贵意见和建议,也欢迎有志之士加入我们的团队,助力科研社区。

平台优势

1、按需购买,性价比高;
2、标准操作,智能提示,避免出错;
3、强大的开发团队和计算专家做后盾。

注意事项

若不能正常显示分子结构,请将浏览器更新到最新版本!

计算教程

文档教程
视频教程

充值购买

请访问我司 淘宝店 购买充值码,详情见店内说明。购买方式:

– 电脑用户请直接访问 淘宝店

– 手机淘宝用户扫描下方二维码:

开具发票

充值均可开具发票。目前,可通过发送邮件至treasurer@yinfotek.com或者拨打电话020-37757697,联系客服进行开票。

联系客服

若在使用平台的过程中遇到问题,请及时联系我们。反馈渠道:
1、微信客服或微信公众号(下方二维码)【推荐】
2、邮箱 info@yinfotek.com

计算方法参考

请从本公司网盘下载(https://pan.baidu.com/s/1BeiaYcudveEoc1P-fNHmkA),提取码: g8zv

如果本平台对您的研究工作有帮助,请在发表文章时引用平台(以及所用计算方案涉及的软件,详见计算方案简介下的“参考文献”)或致谢本公司。凡发表文章时引用或致谢本平台的用户,均可获赠平台计算券,详见:活动奖励

引用范例:
The docking calculation was performed using Yinfo Cloud Computing Platform, a friendly and versatile web server for biomedicinal, material, and statistical researches  (https://cloud.yinfotek.com).

致谢范例:
We thank Guangzhou Yinfo Information Technology Co., Ltd. for providing a friendly and versatile web server (https://cloud.yinfotek.com) to aid the docking studies.

核心功能介绍

1、计算方案

Dock6分子对接(结合模式预测)

– 简介
分子对接(molecular docking)是一种基于结构的药物设计方法,经常用于预测生物大分子与有机小分子的结合模式及亲和力。本计算方案采用UCSF DOCK 6.9软件作为分子对接引擎,实现了蛋白、多肽、核酸与有机小分子、短肽、核酸片断的分子对接功能。根据官方的测试数据和我们多年的使用经验,该方案的结合模式预测效果相当好,对接打分易于解释相互作用。我们推荐使用。

– 应用场景
生物大分子(蛋白、多肽、核酸)与有机小分子(或短肽、核酸片断)的结合模式与亲和力预测。

– 收费标准
普通:100元/个分子
套餐:敬请期待

– 教程

【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK 6.9)

– 参考文献
P. Therese Lang, Scott R. Brozell, Sudipto Mukherjee, Eric F. Pettersen, Elaine C. Meng, Veena Thomas, Robert C. Rizzo, David A. Case, Thomas L. James, and Irwin D. Kuntz. DOCK 6: Combining techniques to model RNA–small molecule complexes. RNA. 2009 Jun; 15(6): 1219–1230. doi: 10.1261/rna.1563609

Vina分子对接(结合模式预测)

– 简介
AutoDock Vina是一款最为流行的开源分子对接软件。本方案采用Vina 1.0程序作为分子对接引擎,经过拓展,针对蛋白、多肽、核酸与有机小分子,建立了完整便捷的分子对接流程。通常情况下,1小时内即可完成一篇分子对接文章所需的全部计算工作。

– 应用场景
生物大分子(蛋白、多肽、核酸)与有机小分子(或短肽、核酸片断)、主客体体系的结合模式与亲和力预测。

– 收费标准
普通:100元/个分子
套餐:敬请期待

– 教程

【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)

– 参考文献
Oleg Trott and Arthur J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Comput Chem. 2010 Jan 30; 31(2): 455–461. doi: 10.1002/jcc.21334

2、小工具

搜索化合物

– 简介

Pubchem和ZINC 15数据库是世界上最大的两个公开化合物数据库,本工具提供统一的搜索页面,反馈整理后的化合物信息,以方便计算模拟工作。

– 应用场景
为分子对接、分子动力学模拟、量化计算等计算模拟工作获取准确的化学结构。

– 收费标准
免费

– 教程

【小工具教程】搜索化合物

 

准备化合物结构

– 简介

涉及到化合物结构的计算模拟,通常需要一个良好的初始结构。用户可通过本工具实现:生成化合物3D结构,添加氢原子和电荷,在MMFF94力场下进行能量优化。

– 应用场景
为分子对接、分子动力学模拟、量化计算等计算模拟工作准备良好的3D化学结构。

– 收费标准
10积分

– 教程

【小工具教程】准备化合物结构

 

处理PDB结构

– 简介

从RCSB PDB数据库下载的PDB结构通常不能直接用于计算模拟。用户可通过本工具对PDB结构进行标准化处理,包括:修复残基、添加氢原子、分离受体和配体(若有)和剔除多余结构(如:水分子、助溶剂)。

– 应用场景
为分子对接、分子动力学模拟、量化计算等计算模拟工作准备良好的生物大分子结构。

– 收费标准
10积分

– 教程

【小工具教程】处理PDB结构