平台简介

殷赋云计算平台

平台入口

https://cloud.yinfotek.com

平台概述

本平台是殷赋科技自主研发的生物医药云计算平台,集成并持续拓展丰富的专家解决方案,解决国内外院校与研发企业科研人员的计算难题。平台包含完善的综合方案和丰富实用的小工具,提供简明的操作教程,让计算专家和技术小白都能快速入门、各得所需。本平台所有计算任务均在云服务器进行,用户通过浏览器或微信小程序即可随时随地访问使用。
我们致力于打造一个丰富强大、灵活便利的生物医药云计算平台,欢迎各位用户朋友提出宝贵意见和建议,也欢迎有志之士加入我们的团队,助力科研社区。

平台优势

1、按需购买,性价比高;
2、标准操作,智能提示,避免出错;
3、强大的开发团队和计算专家做后盾。

注意事项

若不能正常显示分子结构,请将浏览器更新到最新版本!

计算教程

文档教程
视频教程

充值购买

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计算方法参考

请从本公司网盘下载(https://pan.baidu.com/s/1BeiaYcudveEoc1P-fNHmkA),提取码: g8zv

如果本平台对您的研究工作有帮助,请在发表文章时引用平台(以及所用计算方案涉及的软件,详见计算方案简介下的“参考文献”)或致谢本公司。凡发表文章时引用或致谢本平台的用户,均可获赠平台计算券,详见:活动奖励

引用范例:
The docking calculation was performed using Yinfo Cloud Computing Platform, a friendly and versatile web server for biomedicinal, material, and statistical researches  (https://cloud.yinfotek.com).

致谢范例:
We thank Guangzhou Yinfo Information Technology Co., Ltd. for providing a friendly and versatile web server (https://cloud.yinfotek.com) to aid the docking studies.

核心功能介绍

 一、计算方案

1. 分子对接

-简介
分子对接(molecular docking)是一种基于结构的药物设计方法,常用于研究受体与配体间的结合模式和预测亲和力。平台采用UCSF DOCK 6.9和AutoDock Vina作为计算引擎,实现了生物大分子与有机小分子和小分子与小分子的分子对接功能。根据官方的测试数据和我们多年的使用经验,DOC K6.9方案的结合模式预测效果相当好,对接打分易于解释相互作用;我们首推DOCK 6.9方案。

– 应用场景
生物大分子(蛋白、多肽、核酸)与有机小分子(或短肽、核酸片断)、主客体体系的结合模式与亲和力预测。

– 收费标准
100元/个分子

– 教程
蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK 6.9)
蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)
小分子-小分子对接(DOCK 6.9)
小分子-小分子对接(Vina)

2. 虚拟筛选

– 简介
实体的药物筛选方法有严重的缺点:成本高、速度慢、样品量大、阳性率低(< 0.1‰)。相比之下,虚拟筛选(virtual screening, VS)方法具有很大优势。采用虚拟筛选方法可从大型化合物库(如约20万个化合物的SPECS库,超过1亿个可购买化合物的ZINC库)中迅速筛选出有潜在活性的药物分子,阳性率一般在5%~20%。
本平台已推出基于分子对接方法的虚拟筛选方案,并集成若干商业化合物库,用户可一键筛选苗头化合物。对于百万级别的化合物库,更可在12小时内完成。用户还可采用平台提供的工具制作自己的化合物库,并进行筛选。

– 应用场景
针对蛋白靶标筛选小分子抑制剂(或激动剂、拮抗剂),寻找新颖化学结构

– 收费标准
准备化合物结构:10元/次
小分子虚拟筛选(DOCK 6.9):180元/时
小分子虚拟筛选(Vina):650元/时

– 教程
准备化合物结构
小分子虚拟筛选(DOCK 6.9)
小分子虚拟筛选(Vina)

3. 分子动力学模拟

– 简介
分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套分子模拟方法,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,研究者得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节,能够在分子水平上理解生物大分子的运动与其功能的关系、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充,广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。平台采用Amber 20作为计算引擎,实现了常规分子动力学模拟方案和丰富的分析工具。今后将继续丰富分析功能、上线基于GROMACS的动力学方案,敬请期待。

– 应用场景
· 研究生物大分子(蛋白、核酸、多肽、多糖、脂质)与有机小分子的相互作·用;
· 研究多肽折叠过程;
· 研究蛋白突变引起抑制剂的作用变化,揭示耐药机制。

– 收费标准
分子动力学模拟:50元/时
结合自由能计算:25元/时
轨迹处理:5元/时
轨迹分析:25元/时

– 教程
分子动力学模拟(Amber 20)
结合自由能计算(MM/PB(GB)SA)
处理Amber轨迹
分析Amber轨迹(一)

4. 量化计算

– 简介
量化计算是应用量子力学的基本原理和方法研究化学问题的一门基础科学。研究范围包括稳定和不稳定分子的结构、性能及其结构与性能之间的关系;分子与分子之间的相互作用;分子与分子之间的相互碰撞和相互反应等问题。

– 应用场景
单点能、几何优化、振动频率分析、光谱计算(ECD/UV/NMR/ORD/ORA/Raman)。

– 收费标准
25元/时

– 教程
量化计算(Gaussian 09)
量化计算(ORCA 4.2)

5. 构象搜索

– 简介
研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要,在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中,通常是必不可少的步骤。本方案提供3种构象搜索算法以应对各种类型的有机小分子化学结构: 系统搜索(SystematicSearch)、 随机搜索(StochasticSearch)和 自定义搜索(CustomSearch)。

– 应用场景
· 小分子构象分析
· 光谱计算(ECD/UV/NMR/ORD/ORA/Raman)
·  药效团搜索

– 收费标准
20元/分子

– 教程
小分子构象搜索

 

二、小工具

1. 分子结构

1.1 搜索化合物

-简介
从PubChem和ZINC 15等数据库搜索化合物结构。

-教程
搜索化合物

1.2 搜索蛋白质

-简介
从Uniprot和RCSB PDB数据库中搜索蛋白记录,获取PDB结构。

-教程
搜索蛋白质

1.3 准备多肽结构

-简介
从氨基酸序列生成三维结构,或上传多肽分子文件,进行能量优化,获得良好的三维结构。

-教程
准备多肽结构

1.4 识别结合位点

-简介
采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸中潜在的小分子结合位点,输出文件可用于分子对接定义口袋。

-教程
识别结合位点

1.5 准备化合物结构

-简介
为化合物添加氢原子、偏电荷、生成优化的3D结构,为后续的模拟计算提供良好的初始结构。

-教程
准备化合物结构

1.6 处理PDB结构

-简介
处理生物大分子PDB结构:修复残基、添加氢原子、分离受体和配体(若有)、剔除多余结构(如:水分子、助溶剂)。

-教程
处理PDB结构

2. 分子动力学

2.1 处理PDB结构(进阶版)

-简介
检查并修复PDB文件中常见的结构问题,为分子对接、分子动力学模拟等计算提供良好的三维结构。

-教程
处理PDB结构(进阶版)

2.2 添加原子电荷

-简介
为有机小分子添加原子电荷,并检查是否存在Amber GAFF力场所没有的拓扑参数。本工具提供两种计算电荷的方法——RESP拟合静电势和AM1-BCC。

-教程
添加原子电荷

2.3 准备Amber文件

-简介
为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系,暂不支持膜蛋白。

-教程
准备Amber文件

3. 量化计算

提取量化数据

-简介
从量化计算主流程序(包括Gaussian、ORCA、GAMESS-US和NWChem)的输出文件中提取基本数据,如:电子能量、振动频率、原子坐标。发表文章用到量化计算时,通常需要在支持信息(Supporting Information)中提供这些数据,本工具为此提供便利。

-教程
提取量化数据

4. 波谱分析

4.1 ECD/UV拟合

-简介
将计算的电子圆二色谱(ECD)/紫外光谱(UV)与实验图谱拟合、比较,判断化合物绝对构型。

-教程
ECD/UV拟合

4.2 ECD/UV作图

-简介
在线定制图谱样式,制作出版级别的高质量ECD/UV图谱。

-教程
ECD/UV作图

4.3 NMR回归分析

-简介
将计算的核磁(NMR)数据与实验数据做回归分析,判断化合物结构或相对构型。

-教程
NMR回归分析

4.4 光谱平滑滤波

-简介
未经处理的实验光谱常伴有大量噪音,本工具采用Savitzky-Golay(S-G)卷积平滑算法对光谱数据进行处理,可提高光谱的平滑性,降低噪音的干扰。本工具适用于 电子圆二色谱(ECD)、 紫外吸收(UV-Vis)、 红外(IR)、 拉曼(Raman)等光谱的处理。

-教程
光谱平滑滤波

4.5 提取比旋光度

-简介
从量化计算输出文件中提取比旋光度数据。目前仅支持 Gaussian09的输出文件,格式为 log或 out

-教程
提取比旋光度