元旦快乐,殷赋云正式启动“科研计算·普惠计划”

元旦快乐,殷赋云正式启动“科研计算·普惠计划”

大家元旦快乐!2020年注定是不平凡的一年,祖国人民经受住了这历史的考验;2021年我们将乘风破浪,再创辉煌!经过一年的发展,我司已初步建成云计算平台,现正式启动“科研计算·普惠计划”——从即日起,殷赋云计算平台小工具全部免费!!!

殷赋云平台正在高速发展,各种方案工具将持续不断地涌现。下面分别介绍目前几个主要方案:

– 分子对接

分子对接主要用于研究生物大分子(如蛋白、核酸、多肽)与有机小分子、小分子(如环糊精、杯芳烃)与小分子之间的相互作用,预测其结合模式和亲和力,详情请看教程:

《蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK 6.9)》文档教程视频教程

《蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)》文档教程视频教程

《小分子-小分子对接(DOCK 6.9)》文档教程视频教程

《小分子-小分子对接(Vina)》文档教程视频教程

– 量化计算

量化计算方案可进行单点能计算、几何优化、振动频率计算、ECD/UV/NMR/ORD/IR/Raman/HOMO-LUMO等计算。详情请看教程文章:《量化计算(Gaussian 09)》和《量化计算(ORCA 4.2)

– 构象搜索

研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要,在ECD、NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中,通常是必不可少的步骤。本方案提供3种不同算法为有机小分子生成多样的低能构象。详见文档教程:《小分子构象搜索

除了大方案,平台还有丰富的小工具。下面简单介绍一些常用的小工具:

准备化合物结构:生成化合物3D结构,添加氢原子和电荷,并在MMFF94力场下进行能量优化。

处理PDB结构:修复生物大分子PDB结构,添加氢原子,分离受体和配体,剔除多余结构。

识别结合位点:采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸上潜在的小分子结合位点,输出文件可用于分子对接定义口袋。

ECD/UV拟合:将计算的电子圆二色谱(ECD)/紫外光谱(UV)与实验图谱拟合、比较,判断化合物绝对构型。

ECD/UV作图:在线定制图谱样式,制作出版级别的高质量ECD/UV图谱。

NMR回归分析:将核磁共振(NMR)化学位移计算值与实验值做回归分析,判断化合物结构或相对构型。

提取量化数据:从量化计算主流程序(包括Gaussian、ORCA、GAMESS-US和NWChem)的输出文件中提取基本数据,为发表文章提供便利。

更多大方案和小工具,请登陆殷赋云计算平台进行了解:https://cloud.yinfotek.com/