生物医药计算之Linux入门:概述

生物医药计算之Linux入门:概述

  我们周围到处都有Linux的身影,在家中、公司里、大学、实验室,太空空间站。今天,Linux占据了大多数服务器操作系统。它也是Android的基础 ,统治了手机操作系统。而且它还是100%自由而开源的。

  Linux开始于一个芬兰大学生(Linus Torvalds)的个人爱好,现在的Linux已经从一个个人爱好发展成了一场计算机革命。

Linus Torvalds

  严格的来讲,Linux 不算是一个操作系统,只是一个 Linux 系统中的内核,即计算机软件与硬件通讯之间的平台;Linux的全称是GNU/Linux,这才算是一个真正意义上的Linux系统。GNU是RichardStallman组织的一个项目,世界各地的程序员可以变形GNU程序,同时遵循GPL协议,允许任何人任意改动。但是,修改后的程序必须遵循GPL协议。

  Linux下很多工作都是通过命令完成的,学好Linux,首先要掌握常用命令。因为用户通过Shell与Linux内核交互。Shell是一个命令行解释工具(是一个软件),它将用户输入的命令转换为内核能够理解的语言(命令)。

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  一些组织或厂家将 Linux 内核与GNU软件整合起来,并提供一些安装界面和系统设定与管理工具,这样就构成了一个发型套件,如Ubuntu、Red Hat、Centos、Fedora、SUSE、Debian、Kali、FreeBSD、Chrome OS、SemicodeOS、EnchantmentOS等。相对于内核版本,发行套件的版本号随着发布者的不同而不同,与系统内核的版本号是相对独立的。因此把Red Hat等直接说成是Linux是不确切的,它们是Linux的发行版本,更确切地说,应该叫做“以linux为核心的操作系统软件包”。

  Linux 中的可选项似乎“无穷无尽”,因为每个人都可以通过修改一个已经发行的版本或者新的白手起家的版本 (LFS) 来构建 Linux。关于 Linux 发行版的选择,我们关注的因素包括用户界面、文件系统、软件包分发、新的特性以及更新周期和可维护性等。在计算模拟领域经常遇到的两个较为熟知的 Linux 发行版:CentOS 和 Ubuntu 。

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  如何从这两个之中选择,这是摆在管理员、初学者和专业人士面前的主要题。在对这两个(和更多)发行版有了一定的经验之后,我们决定对CentOS 和Ubuntu 两个发行版做个比较。

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CentOS

  CentOS(Community Enterprise Operating System)是脱胎于 Red Hat Enterprise Linux (RHEL) 并与之兼容的由社区支持的克隆版 Linux 发行版,所以我们可以认为 CentOS 是 RHEL 的一个免费版。CentOS 的每一套发行版都有 10 年的维护期,每个新版本的释出周期为 2 年。由于 CentOS 的更新频率较低,这意味着软件测试的时间更长,并且只有真正稳定的版本才会得到发布。如果你使用 CentOS,你不会因新的有 bug 的应用程序版本而遇到任何稳定性问题,因为你不会得到那个新的有 bug 的版本。

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Ubuntu

  Ubuntu 是一个基于 Debian 的 Linux 操作系统,应用于桌面、服务器、智能手机和平板电脑等多个领域。由一个英国的名为 Canonical Ltd. 的公司发行的,由南非的 Mark Shuttleworth 创立并赞助。在全世界的开发者共同努力下生成的开源发行版。在这些年的悉心经营下,Ubuntu 的界面变得越来越现代化和人性化,整个系统运行也更加流畅、安全,并且有成千上万的应用可供下载。

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生物医药计算

  生物医药计算领域有许多针对学术用户免费自由的软件,大多首先在Linux平台发布。分子对接软件如Autodock、AutodockTools、Dock、Vina等,分子动力学软件如Gromacs、Amber和NWChem等,可视化软件如VMD、Pymol和Chimera等。能够轻松地在Linux平台运用这些软件对我们的科研和工作很有帮助。我们将接下来的公众号文章中带领大家进入Linux的世界。

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结论

  不论如何选择,因地制宜,选择合适的操作系统和工具,此乃最高境界。


 

参考

  1. http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
  2. http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
  3. http://www.pymol.org/
  4. http://dock.compbio.ucsf.edu/
  5. http://autodock.scripps.edu/
  6. http://mgltools.scripps.edu/downloads
  7. http://www.gromacs.org/
  8. http://ambermd.org/