成功案例

案例分享:分子对接项目分析报告(主客体分子)

1.项目说明

研究主题分子β-环糊精(β-CD)与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。

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案例分享:分子对接项目分析报告(G-四链体)

1.项目说明

采用分子对接技术研究配体分子1 与受体端粒DNA 的结合模式(图1)。

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雷公藤甲素与GSK-3β蛋白分子对接研究

  为提高传统化学治疗的功效,研究者们采用一种“顺铂-雷公藤甲素”(cisplatin-triptolide)联合用药方案。事实证明,该方法是有效的,但具体的作用机制却不甚明了。临床上观察到雷公藤甲素会增强顺铂诱导的泌尿道上皮癌症细胞的细胞毒性。文献[1]报道指出,雷公藤甲素是通过调控PKC-GSK3β轴来达到这一效果的。但雷公藤甲素与GSK3β之间是否存在相互作用,它们之间的结合模式又是怎样的呢?

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ECD计算辅助鸢尾醛类化合物绝对构型确证

  研究者通过提纯分离技术从鸢尾花(Iris tectorum)的根茎中获得了四个具有从未报道过的α-松油醇结构的鸢尾醛类(iridals)化合物A-D。使用HRESIMS、UV、IR和NMR技术等一系列技术,研究者们确认了化合物的化学结构,又根据NOESY谱,进一步确定其相对构型。然而,由于化合物包含了太多手性中心,通过文献报道的X衍射分析、化学降解、生物合成通路分析以及改进的Mosher方法,研究者们仅确定了大多数手性中心的绝对构型。而针对该全新α-松油醇结构的X射线衍射晶体测定实验不成功,C16和C23两个手性中心的绝对构型就成了谜团。为此,研究者们求助于量化计算电子圆二色谱(ECD)与实验数值的比较分析[1]。

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HDAC家族蛋白抑制剂多策略虚拟筛选

  组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC)是一类蛋白酶,对染色体的结构修饰和基因表达调控发挥着重要的作用。组蛋白去乙酰化酶抑制剂(histone deacetylase inhibitors,HDACi)通过增加细胞内组蛋白的乙酰化程度,提高 p21等基因的表达水平等途径,抑制肿瘤细胞的增殖,诱导细胞分化和(或)凋亡。组蛋白去乙酰化酶抑制剂已成为肿瘤靶向治疗的研究新热点,其对肿瘤细胞迁移、侵袭、转移的抑制作用和抗肿瘤血管生成作用也被证实。

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黄酮类化合物抑制Aβ42构象变换机理研究

  实验证明,黄酮类化合物可结合在Amyloid-β42(Aβ42)上从而抑制Aβ42的聚集。然而,它的抑制机理却仍旧是个谜团。实际上,要从实验上获得精细的结论通常需要付出极大的代价,甚至有时候是难以达到的。为此,我们的技术顾问与同事另辟蹊径,采用了分子动力学方法,模拟了黄酮类化合物抑制Aβ42的动态过程,从原子水平上成功地阐明了其抑制机理[1]。

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