微信学术交流群之聊天记录(9)

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验证化合物活性

A:想请教一下各位老师,我目前是筛出了一批化合物,并通过实验确定了具体的靶点,想走个好点的文章,想通过计算机这一块儿来引入,是如何找到的靶点,需要用计算机来做一些什么具体的工作,才能完整地说是先通过某个具体的靶点,设计了一批化合物,然后验证了改化合物的活性。

B:看几篇JMC的文章。

A:JMC上计算机这一块貌似少一点。我的想法是通过计算机虚拟技术来充实一下内容 所以请教大家给个思路。

B:你活性做的少?我们组之前也只是把模拟的图放上,简述下作用方式。

C:建立药效团?然后虚拟筛选?分子对接?测活性?

D:看jcim文章可以。

A:活性做得还是比较多的,有体内体外实验,唯一的不足就是化合物结构比较单一,所以想用计算机这一块来弥补其不足。

B:ejmc好像对化合物要求不多,活性做的好就ok。

D:是要筛选类似的化合物吗?

A:不是筛选类似物,是已经测完活性了。但是化合物结构单一,想用计算机辅助来弥补一部分不足,

A:感觉还是有点少。

B:不用太多的,你的优势是活性那块,有时候写的多了反而是累赘。

D:活性是做了酶活性吗?

A:没有,WB细胞动物。

D:活性不错的话就行,结构单一也不怕。

殷赋科技:

1、分子对接虚拟筛选,找到苗头化合物;

2、实验验证活性;

3、分子动力学模拟,研究结合模式;

4、投稿。

分子动力学模拟使用的软件及区别

B:@殷赋科技 分子动力学模拟用什么软件?有没有操作流程?

D:gromacs用的最多,ds啥的里面也有。

殷赋科技:gromacs、amber。

B:我之前看过别人的论文里有这一块。

殷赋科技:流程看官网教程。

E:我之前用的amber,但是真的想知道gromacs和amber区别在哪里?用哪一个更好还是都可以。

D:我也想知道。

殷赋科技:gromacs完全免费,amber收费,ambertools免费。

E:嗯,谢谢@殷赋科技 ,在计算内容上呢?或者在发文章认可以及操作上面呢?

F:amber能进行一些高阶计算,gromacs更快。

殷赋科技:amber教程齐全,容易操作,分析工具丰富齐全,gmx教程相对少,不过够用了,操作相对难一点点,处理小分子时容易出错,mmpbsa计算结合自由能的工具不完整,算起来也麻烦。

G:ambertools一般都够用了。

殷赋科技:初学者用ambertools吧。

B:这个软件网上可以下载的吧?

E:可以。

殷赋科技:到官网下载。

B:是殷赋科技的官网还是软件的官网?

殷赋科技:软件官网,amber教程要好好看basic部分,advanced部分可以选一些来看,会了amber,再去操作gmx就简单了。

F:ambertools不能用gpu吧,得有amber才能用。

殷赋科技:对。

D:是不是要先安装amber再装ambertools?

殷赋科技:对,也可以不装amber,只ambertools。

F:不是呢,可以直接安装ambertools。

预测蛋白3D结构

H:有没有会蛋白质那种机器学习去找结构域的?

I:有预测蛋白3d结构的。

H:找蛋白催化中心也可以嘛?预测预测!

Alan:alpha-fold。

I:https://github.com/aqlaboratory/rgn。

找蛋白催化中心也可以嘛? 整个3d结构都预测了。

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