微信学术交流群之聊天记录(8)

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CoMFA模型

A:请问建立的CoMFA模型q方为0.558以及以下的统计结果能否说明该模型具有较好的拟合能力。

做了很多次了F值都是小于100,SEE也不接近0,怎么调整训练集和测试集里的化合物才能建成功一个模型呢?我都是随机的一直试的。

殷赋科技:训练集R2要达到0.95,q2≥0.5,测试集R2要达到0.6,y=kx+b中的k要接近1。

调整ECD图谱字体

B:各位老师,最近用OriginPro9-64软件拟合ECD图谱时出现了如下图所示问题,谁能帮忙解答一下,怎么调回去,多谢了!!

殷赋科技:对各个要素一点一点调咯,坐标字体太大,就双击坐标文字,慢慢改吧。

B:就是哪里出了问题点哪里吗?最后怎么应用于所有文档。

殷赋科技:不知道当初你是怎么做出来的。如果没法撤销,就只能耐心调咯。

B:组里有人不知道碰了哪里。明白了,我试一下。

殷赋科技:图不多吧?逐一修改就好啦。

B:不算多,就是怕以后增添了不少步骤,我调调看。

殷赋科技:嗯,我不知道怎样应用到各个文档。看看其他人有没有办法咯

C:Origin可以右键,copy format-all,然后paste format。

B: 嗯嗯,收到,正在尝试。现在改善了好多。

Pymol的插件(getbox plugin)问题

D: 各位大神想问下分子对接Pymol的插件getbox plugin是怎么下载的呢?谢谢!

殷赋科技:pymol不是做分子对接的,不知道你所说的getbox插件是什么,可以到cn.bing.com搜一下,或者到pymol wiki搜下。或者用我们的计算平台(http://www.yinfotek.com/platform),就不会有这些问题了。

E:https://github.com/MengwuXiao/Getbox-PyMOL-Plugin。

金属配合物的构象搜索

F:请问各位老师,做金属配合物的构象搜索,计算用spartan做不了金属配合物的。有没有其他方法?谢谢。

G:金属配合物不需要构象搜索,用高斯优化完就好了。

F:这样?手型中心是没有,配位的。配位在其他地方也可以?

F:因为算了一个构象是反的。

G:本来就不准确,算构象作用不大,不如养晶体。

F: 不是。是因为有一大批类似的化合物要合成。这样子,就可以不用再养单晶了。

G:我暂时没有看到金属配过物有构象搜索。我指的是发文章的,因为本来就不是太准确。

殷赋科技:@F @G 对金属配合物进行构象搜索时,实际上是对配位中心以外的部分进行搜索,跟一般构象搜索无异。我没有用过spartan,不知道它对金属配合物进行构象搜索时产生什么问题。要想深入了解以便找到解决办法,需要详细描述问题,最好截图+给出分子结构。否则只是纸上谈兵。如果不用Spartan,可以用MOE、Sybyl等商业软件,或者用Openbabel、RDKit等免费工具。操作中可能需要特别处理,比如将配位键改为单键连接,以便保持配位中心的构象。

F:结构是类似这种的。

殷赋科技:显然,这是四配位,如果Spartan处理不了,可以将Co改为C,构象搜索完,再将C改回来变为Co。因为对称性的缘故,产生的构象不会很多。

不知道你为什么要做构象搜索,它的优势构象应该是对称性最好的时候,所以,大多数情况下根本不需要做构象搜索。

设置zinc数据里面wget的path

J:求教一下群里各位大神,zinc数据里面wget的path怎么设置啊?我下来了,然后mol2文件怎么用在moe或者sybyl里面呢?

殷赋科技:用到moe时,需要先创建mdb文件,再import进来。moe手册的get started部分要看。sybyl直接打开文件,会让你保存为mdb文件的。两个软件都叫mdb格式,但不是一回事。

J:谢谢您的指点,zinc数据库里一个mol2里面那么多分子可以一次性导到moe的mdb文件里面吗?

殷赋科技:可以啊,但是,实在太多,分开为好。万一崩溃了呢?

J:要是想分开怎么办呢?怎么能变成单个的mol2分子呢?

殷赋科技:没用过replacefragment,估计是要用三维结构吧,smiles格式是0纬或1维(不清楚怎么定义,总之不是3维)。

殷赋科技:mol2文件也好,sdf文件,pdb等等格式,文件格式都是一个分子一个分子地前后连接。那你可以用Linux命令csplit去划分。自己摸索下吧。不想用命令,可以用ds来拆分。

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