微信学术交流群之聊天记录(5)

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靶标预测

A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么,比如抗肿瘤,抗炎,抗神经等等。

B:反向找靶。

A:那就复杂咯,想简单点,然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。

C:反向对接。

D:直接做激酶谱不就行了。

E:多糖类药物可以做这个激酶谱吗?

F:激酶谱 一次2、3万。

A:你这花费也太高了,都不知道有啥作用呢。

E:那它出来的效果很好吗?还是效果不一定好。

A:多糖类?我接触到的客户多糖类的,好像做炎症的偏多。

G:多肽类的呢?

E:多糖类做炎症的是很多。

G:多糖抗菌性呗。

H:不知道有啥用,为啥要合成呢。

I:他是不是先试试有没有毒比较靠谱,如果毒性大直接放弃吧!

A:我听说可以通过计算机分析出化合物的药理与毒理,还有成药性等。具体实验啥的,可以后面做嘛,先预测,后验证。

J:或者试试靶点预测。

K:先比较下结构相似性,看看可能有啥活性。

C:先从成药性考查一下?

H:我觉得结构相似性这个方向可行。

E:结构相似性怎么做啊?

C:我记得有些什么定律,能判断一个化合物适不适合做药。

L:药物相似性和OB么?

M:类药物五原则,分子相似度。

N:药是没有规律的,伟大的药是上天的恩赐,有可能这话很难听。但是做学术研究还是可以的。

C:也是,植物中稀奇古怪的次级代谢物有些都是活性很好的药。

C:Swisstarget也行。

O:我自己靶标预测的经验,是多用几个预测系统,选择重复的靶标进行实验验证。

P:如果一个化合物或者两种化合物,利用殷赋科技的AI计算技术,可以预测作用及靶点,非常有价値。

殷赋科技: 想不到这个问题这么多人关注哈。

O:大家都有化合物,不知道如何选择靶标吧,我也用了swisstarget。

Q:大神们,swissmodel建出来的模型也可以发sci的吗?

殷赋科技:光建模吗?

N:什么是靶点?

Q: 还有实验!但我感觉swissmodle也太不准了吧。

殷赋科技:那就可以发啊。感觉不准的依据是?

殷赋科技:同源性足够高,覆盖范围足够长,应该还好吧。结合蛋白的功能以及相关实验信息(比如定点突变)的提示,选择“正确”的模型。

分子对接常用软件

A:请教前辈们一个问题:DS、MOE、Autodock、schrodinger 这四个软件,哪一个用来做分子对接接更好一点?

殷赋科技:薛定谔没用过,我推荐用Dock6。

B:薛定谔挺准的,不过操作不友好。

A:那发文章啥的,用哪个合适,感觉schrodinger界面更精致。

殷赋科技:你用什么软件做计算,就用什么写文章,不过要注意,商业软件需要有版权。

A:那就貌似用autodock不用有版权吧。

C:我觉得花钱的好。

殷赋科技:autodock 引用文献就好。

A:花钱是挺好,但是没有钱呢!

殷赋科技:这些商业软件当然贵了,大多数功能模块都是用不着的。你们还在纠结这个问题,用dock6啊,免费又准确。

虚拟筛选费用

E:这两天用vina筛一个二十多万的分子库,费了一个多星期,不知道算不算正常?

E:28核CPU。

殷赋科技 :正常

F:假设是22万化合物,那么你的筛选速度相当于每核心每化合物1.3分钟。对vina来讲正常了。但是,你可以租赁计算机,一台机器一周7天大约500元。你用7个节点,500元一天搞定。14个节点,500元,半天搞定。

殷赋科技:求推荐。

F :广州超算中心,就是贵一倍1000元也值。

E:这么计算,确实很值得,看来现如今计算资源才是王道啊。

殷赋科技:用起来吧!高效地发文章。

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