微信学术交流群之聊天记录(2)

微信学术交流群之聊天记录(2)

以下是小殷整理的聊天记录。

预测蛋白相互作用的软件

A:想请问一下预测两个蛋白之间的相互作用有什么方法吗?

殷赋科技:用蛋白-蛋白对接方法。蛋白-蛋白对接有好多软件都可以做,比如ZDOCK(Discovery Studio里边也整合了这个软件)、Hex、Rosetta。我们平台将来也会上线这个功能。

B:请问一下大家,做分子对接是怎么收费的呀?

殷赋科技:平台分子对接收费标准在这里:http://www.yinfotek.com/platform

C:我也想问一下,预测蛋白之间相互作用是否有相应的方法和软件,怎样收费?

殷赋科技:ZDOCK免费,Rosetta可以申请学术license。

D:问下vina可以做蛋白对接吗?

E:可以。

F:效果不好哦。

殷赋科技:一般不用vina做蛋白-蛋白对接。一个可选的方案是先用ZDOCK做刚性对接,然后算分子动力学。

D:ZDOCK对接效果并不好,在前期增加了binding site限制后,对接后的空间位置仍然是偏离的。

殷赋科技: 那就用Rosetta。不知道大家有没其他推荐。

G:我个人感觉zdock是非常准的。

殷赋科技:那就好啊。我正打算把这些软件开发成便捷的方案呢。

H:那个Rosseta特别麻烦,自学会遇到好多坑。不知道有没有人有好的资料,或交流群。

殷赋科技:Rosetta官方教程讲得就非常好了:https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/Protein-Protein-Docking/Protein-Protein-Docking#preparing-structures-for-docking

H:那个pyrosetta(Python包),给的函数太多了。要想掌握,有不少坑。

殷赋科技:蛋白-蛋白对接也可以用I-TASSER: https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/services/

H:rosetta可以设计蛋白,这个应该比docking和MD更有技术含量吧?Rosetta擅长设计蛋白,如果是奔着这个目标的话,建议用它。

殷赋科技: 研究好了Rosetta,来写篇教程或者经验分享啊,欢迎大家踊跃投稿!

A:这些软件win系统可以使用吗?

殷赋科技:应该有win,http://zdock.umassmed.edu/

A:如果只是想预测一下,两个蛋白是否有相互作用,有什么比较快捷的网站之类的吗?

殷赋科技:试试这个 http://string-db.org/

H: 云平台是你们自己的服务器还是基于阿里云的?

殷赋科技 :我们自己的服务器。

I: 能用你们的平台免费做对接吗?

殷赋科技:现在注册就有2张计算券。

H :有模板报告结果么?可以给大家看看平台能做出些什么指标或结果。

殷赋科技:有公众号文章。因为手头事情多,目前还在开发很多功能,暂时没时间做模板。将来会逐步完善的。

目前我们平台有vina和dock6两个方案,可以做蛋白、核酸、多肽、小分子两两间对接,蛋白-蛋白除外。多肽、核酸作为配体的话,只支持少于6个氨基酸、碱基的情况,当做有机小分子来处理。因为数量多了,就不准确。

H:一直对分子对接和MD感兴趣,搜了那么微信号,只有你们一直坚持专门针对这些写分享文章。

 

ECD实验数据的波长

殷赋科技:请教下天然产物领域的朋友,各仪器测定的ECD实验数据中,波长都是整数吗,有没有出现小数的?我没操作过仪器,所以不清楚。

J:应该是可以设定的,我记得有个参数是设定每秒钟测定的数据点数。

我们目前测的都是整数,参数都是用的那一个。

我目前测的没有小数,只有整数,不知道调参数之后会不会有。

殷赋科技:我想大多数人应该不会设置成有小数的吧,不然数据点就大十倍了。

J:可是我计算出来的数据都是带小数的,还要筛选一下,保留整数。

 

薛定谔教程

K:薛定谔或是新版ds有没有教程啊?

殷赋科技:这些软件都自带教程吧。

K:那个help看着有点乱。

殷赋科技:网上搜下应该有,看看其他群友有没有可供分享的咯。

K:有时那些设置的参数不知道要不要按教程来。

殷赋科技:这就要你对参数有足够了解了。

K:那看来还是要看help里的介绍了。

殷赋科技:是啊,开卷有益。

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