分析相互作用的时候,范得华力和静电力哪个更主导

分析相互作用的时候,范得华力和静电力哪个更主导

殷赋科技学术交流群,牛人集中地,期待你的加入。请在公众号首页输入“加群”,验证后即入群。

1

A:打扰一下,有做过药效团的大佬么,做药效团测试集的时候,怎么找一些阴性对照的小分子呢,一般是怎么个经验?

B:我是从drugbank和pubmed一些药物数据库里找的。

A:怎么确定无活性的呢?

我看到的都是基于经验,认为那些分子无活性,所以就拿来做测试,有点迷糊,不清楚这个经验……

C:chembl或pubchem,ic50,ec50,ki,kd值来,比如ic50>10000nM。这个多大算没有活性,要看具体的情况。

A:噢,还是根据这些数据来的!非常感谢!

C:hERG建模,一般认为40uM或以上没有活性。

A:请问一下,分析相互作用的时候,范得华力和静电力,这个,区别和贡献是怎样的呢?哪个更主导呢?

C:力场给出数值,你可以看到一清二楚。

A:谢谢大佬,我的意思是,从概念上来讲,在分析的时候,这两种力,应该怎么看待呢?

C: 你将相互作用能的函数写出来,其中保护静电与范德华项,一般你不会关心分项具体数值是多少,你关心总的能量。

A:受教。

 

2

A:请问,在用DOCK6.9虚拟筛选的时候,用chimera准备小分子文件。文件过大,怎么办?有没有命令的方式?加氢,加电荷?

殷赋科技:用openbabel加MMFF94电荷也可以。或者用chimera的命令行工具:antechamber。

A:chimera可以在不打开文件的情况下执行?

殷赋科技:用Chimera的命令行工具,在Linux下运行。

B:DNA双螺旋结构预测有网站吗?

殷赋科技:DNA有多长?

B:上百碱基吧。

殷赋科技:试试这个,http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold/DNA-Folding-Form。

 

3

A:我想问一下这两张图片,连接键一个四个,一个两个,能说明什么问题吗?

殷赋科技:可能作用力多的那个体系,结合力比较强吧。

A:这分子对接结果和做实验得出来的结果相反啊!

B:具体这个多了的作用力是好是坏,得另外再分析。

C:VAL482的作用是什么搞清楚点。

A:就是一个氨基酸残基啊。

C:他们结合的氨基酸不一样啊,这方面解释合理就行了。

A:同一个蛋白质,不同的小分子配体。本来是想看能不能通过分子对接,比较一下它们之间的作用力。可是这分子对接结果和我通过实验做出来的结果好像相反的。

B:我不同意结果相反的这个说法。有作用力就一定是好的么?这个本来就是辅助,如果通过这个分析不出来,就换方法呗。

A:我不知道啊,我都不知道这作用力代表什么意思。

B:所以呀,要么你就搞清楚各个力对蛋白的影响,要么就换方法。这些方法的目的本来也是要辅助解释实验现象。

A:不同氨基酸和小分子的作用力?这个怎么搞清楚啊?

B:看作用力对蛋白的结构变化,是好是坏,你得需要加上另外的方法,文献里面找吧,方法文献是肯定有不少,对你那个体系没报道很正常了。