配体处理的时候,是加全氢还是极性氢?

配体处理的时候,是加全氢还是极性氢?

殷赋学术交流2群已建立,需求加群的朋友,请关注公众号并输入“加群”,验证后即入群。

1

A:请教一个问题,配体处理的时候,是加全氢还是极性氢?感觉结果差距还挺大。

殷赋科技:先加全氢,再加电荷,再能量优化,再根据对接软件要求,生成相应的格式,vina要求配体是只含极性氢的pdbqt格式(电荷无所谓),DOCK6要求全氢带电荷的mol2格式。

A:感谢感谢!好细致的回答。

殷赋科技:这些步骤,在我们计算平台上会自动完成,就算你没勾选加氢选项,只要检查到配体缺少H,也会自动加上。

B:用计算平台对接完成后,系统会给出1-4个相互作用的结果,这这结果如何确定哪种结合方式是最好的呢?

殷赋科技:对接一般产生多个pose,第一个pose是打分上最好的,如果什么都不管,只看打分,那么,这个pose就是你要选择的。

但是,只看打分是比较粗糙的方式,尤其是vina方案,打分不是很靠谱,dock6是比较靠谱的(个人经验);基本上,选择dock6对接结果的第一个pose来分析就可以了。

然后,针对选择的pose,它与蛋白口袋的氨基酸残基有多种相互作用,这些作用都应该分析,不需要“选择”。

怎样算比较好的结合方式(模式)?配体分子在形状(和静电分布)上与口袋吻合(互补)、有较多相互作用,其中,疏水作用是普遍存在的,氢键应当有1-4个(视乎分子的具体情况而言),如果还有其他相互作用(比如文献指出的关键作用、关键残基)。

注意,氢键个数没有标准,这里1-4个只是常见情况而已。

2

A各位老师,我想请问一下,共价结合的小分子配体,可以算其进出蛋白的能量变化,并分配到每个氨基酸残基上吗?

B:分配到每个氨基酸残基不是分解自由能得出的吗?共价的话可以吗?

C:什么软件呢?

A:用MD直接跑出来的呢,没有经过对接。

C:gmz可以指定不同的indexgroup,用gmx内置的能量分解即可?

A:老师这样分析出来的能量能够分配到每个氨基酸上面吗?

A:会不会共价作用或许强大,把其他相互作用掩盖住?

C:你单独指定每个氨基酸试试?具体我也没试过哦。

3

A:有做ECD的吗?想请教一下有没有相关的教程?

殷赋科技:

ECD的计算流程:

1、构象搜索(软件:比如Spartan;力场:MMFF94)

2、几何优化(软件:Gaussian,理论方法:B3LYP/6-311G(d,p))

3、激发态计算(软件:Gaussian,理论方法:同上)

4、图谱拟合(软件:SpecDis或GaussView)

需要掌握上述软件和方法,一般需要在Linux系统中操作,因此还需要掌握基本的Linux命令。

A:有没有详细一点的教程,现在纯粹白痴一个。

殷赋科技:我们预计11月上线ECD/NMR计算方案,到时候会有教程。

B:求问ECD计算构象搜寻后,是需要把得到的所有构象进行几何优化然后计算比例吗?

殷赋科技:是啊。

4

A:如何比较多个配体与目标蛋白的结合能力?

B:大家做对接之前配体都是怎么准备的呀?

C:软件的配体模块直接准备。

B:比如薛定谔有ligprep macromodel confgen 用哪一个?

C:如果只是做普通的对接的话ligprep就可以了。

D:有大环结构考虑下面。

C:不过用ligprep做完也要观察一下结构,有可能会生成一些奇怪的结构,比如在吡啶氮上加了个质子。

D: 共价对接可以柔性对接吗? 没有ligand的蛋白感觉口袋不好。

E:autodock可以做共价对接吗?

殷赋科技:共价对接想了解什么?autodock可以做啊,在它官网有文章介绍。

D:如果有ligand的最后对接的pose结果很不错。但是如果蛋白里面没有ligand。对接就很奇怪。有没有能柔性对接的方法或是让蛋白打开一口袋呢?

殷赋科技:共价对接可以用autodock4,之前群里讨论也有其他推荐,可以找下记录。我一般不做共价对接,要做也是先搞清楚机理,然后先做非共价对接,获得合适的结合取向后,再手动连接反应位点,再优化之。如果按照我的方法,那么一般的对接软件就可以啦。

C:maestro里面的covalent docking采用的应该是共价对接后优化。正如你所说,没有ligand的口袋可能没张开,可能对接结果不如人意。我一般先做非共价对接,再跑md把让配受体结构相适应,再做共价对接。如果想简便点就做柔性的非共价对接后再做共价对接。

5

A:modeller建完模之后评分89,还能再继续让它变得更好吗?

殷赋科技:modeller的高级技巧都用上了吗?

殷赋科技:最重要的一个是loop环优化,全部在modeller教程里了。

B: loop优化大概需要多少时间啊?

殷赋科技: 这个不应该以时间为标准吧。

B:我每次做一个需要24小时以上。

A: 谢谢了,这个教程能分享一份吗,或者哪儿可以下载到。

殷赋科技:modeller官网。。。

B:只有10个左右的氨基酸。

殷赋科技:那就没法用它,也不必用它,用amber从序列生成三维结构,然后跑动力学就好了,amber官网教程有。