计算知识问答(1)

计算知识问答(1)

很多用户在使用平台时会提出各种各样的问题,以下是我们总结的比较常见的一些问题,并附上我们专家的答案。

1. 如何看PDB页面的详细信息?

答:需要认真看标题和摘要,摘要就是来自文献的,必要时,好好看那篇文献。还可以参考《如何选择蛋白晶体结构》。

2. 如何查蛋白中水分子的编号?

答:https://www.rcsb.org/structure/1UWH,点3D view–structure view,勾选water,点击图中相应的水分子,即可看到编号。也可使用殷赋云平台(https://cloud.yinfotek.com/)【处理PDB结构】小工具查看水分子,将鼠标放至视图中水分子原子上,即显示其信息。

3. 定义受体时,若有多条链,如何判断选择哪条链?

答:分子对接定义受体时,需要保证所选部分包含完整的口袋。如果口袋由多条肽链共同构成(比如,由多个亚基构成的离子通道、蛋白-蛋白接触面),则应该选择构成此口袋的最少数目的肽链。如果口袋分布在单一肽链中(比如,对于同质肽链,各自包含一个完整口袋),则选择其中一条肽链即可。

4. 怎么知道受体中有没有共晶配体?若有配体,如何判断用哪个?

答:请参考《如何选择蛋白晶体结构》中的第4点,“选择含有共晶配体的结构”。

5. 受体里面有多个配体,只需其中一个配体作为口袋,其余的是否需要删除?

答:如果其他配体对要研究的内容没有影响,建议删去。一般来说,如果这些分子(比如,GOL、PEG、SO4等常见分子只是溶剂分子)不属于真正意义上的药物小分子,对对接不造成影响,完全可以删除;如果是辅酶分子,正好落在要对接的口袋中,原则上不能删除。总之,要先了解这些配体是什么分子,有什么作用,对要研究的内容有无影响来决定保留或删除(详见第4问)。

6. 平台结果显示的是Grid score,文献中是glide score, 这两者之间咋算呢?

答:不同软件,glide score是薛定谔软件glide的对接打分,grid score是dock6的对接打分,虽然两者在原理上有相似之处,但实则是不同的打分。两者之间没有换算关系。

7. Vina对接结果Affinity值一般多少认为是合适?

答:Affinity一般<-4才算有结合力,<-7 kcal/mol属于强结合力。Vina的Affinity不是非常精准,只能作为一个参考。相比而言,Dock6的Grid score更为准确。相比之下,更重要的是结合模式的分析,详见公众号文章《如何科学合理地对待分子对接结果》。

8. 对接结果只看打分行不行?

答:不能只看打分,更重要的是看结合模式。因为结合模式错了,打分再好也是没有意义的。

9. 好的结合模式应是怎样的?

答:1、受体-配体接触面比较大,结合比较紧密,配体没有大部分结构悬空。这在蛋白-小分子体系中的表现是:配体基本结合在口袋内部,而不是大部分暴露在外面;在小分子-小分子体系的表现是:受体-配体两个小分子接触面比较大,看起来足够稳固,不会因热运动而轻易脱落。

2、有较多相互作用:如果配体有O、N原子,一般都应该有氢键;如果配体有苯环(或其他芳环),出现π-π堆积就是加分项;此外,还应该有疏水作用,除非配体有很多O、N原子却很少碳原子,则无疏水作用也是可以理解的。

10. 对接后打分不好,但相互作用分析图可以。分析如何写?

答:分析的时候,有什么作用就说什么作用,顺带提及对应的能量贡献(打分贡献)是多少即可。有的分子结构比较小,疏水原子偏少,打分偏低是正常的,但极性作用尤其是氢键、盐桥较多时,结合模式应该是比较合理的。

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