博客文章

微信学术交流群之聊天记录（8）

CoMFA模型

A:请问建立的CoMFA模型q方为0.558以及以下的统计结果能否说明该模型具有较好的拟合能力。

微信学术交流群之聊天记录（7）

Autodock、Autodock Vina与Dock6

A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢，有些时候结果出来了不会分析不会看。

殷赋科技:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析，解读无非就是看图说话，再结合一些实验数据、相关文献进行拓展。

微信学术交流群之聊天记录（6）

体系相关

A:http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/这个网站的结果怎么比较啊?

殷赋科技:我还没用过呢，只是在网上搜索到的。你那计算完了，有什么结果啊?

微信学术交流群之聊天记录（5）

靶标预测

A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么，比如抗肿瘤，抗炎，抗神经等等。

B:反向找靶。

A:那就复杂咯，想简单点，然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。

微信学术交流群之聊天记录（4）

Docking

A:用的cdocker将晶体复合物的配体对接回原来的蛋白质重合度不好啊，rmsd也比较高，请问大家对接时受体蛋白加力场吗?

B:参数没设置好吧。

C:要分析原因哦。

(1)是所有对接计算出来的pose都不好?

(2) 还是打分最好的那个不好，打分差的反而好?

(3)还是根本没有生成活性构象。

如何科学合理地对待分子对接结果

这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？

微信学术交流群之聊天记录（3）

Docking相关

A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗?

B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。

A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。

B:只要比这个配体的打分低，那肯定就更有可能结合在那里呀!

E:新手想问下，配体和蛋白对接的时候怎么确定对接盒子的位置和坐标?

如何确定对接口袋？

在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多肽以及主客体中的主体分子，又该如何定义对接口袋呢？

对接口袋这个概念存在于分子对接计算中，是受体中配体结合的可能区域。通过设定足够大的盒子把口袋囊括起来来告知对接程序它的位置。如果对接口袋被设定在真正的活性结合位点上，则有更大概率找到配体正确的活性构象与结合模式。对接口袋，顾名思义，通常呈口袋状（开口小、肚子大、能容纳一定体积的分子结构），也有其他形状，比如管道状、凹槽状和浅洼状，而以口袋形状最为典型。对于蛋白-配体复合物而言，大且深的疏水性空腔对于配体结合至关重要。对于蛋白结构，这一特点便成为各种算法寻找对接口袋/识别结合位点的重要依据和原则。

微信学术交流群之聊天记录（2）

微信学术交流群之聊天记录（1）

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