Author Archives: liangrj

殷赋科技再次获得6项计算机软件著作权

重大喜讯!我司再次获得6项计算机软件著作权,本次获得的软著证书分别为

  • 量化计算系统
  • 殷赋云计算平台
  • 识别结合位点软件
  • 殷赋云后台管理助手
  • 小分子构象搜索系统
  • 蛋白/核酸/多肽-小分子对接系统
阅读更多

【分子动力学教程】分析Amber轨迹(一)

用途

分析Amber分子动力学轨迹,内容包括:RMSD、RMSF、B因子、氢键、回转半径、RDF以及距离、角度、二面角等几何指标的测量。

阅读更多

【分子动力学教程】处理Amber轨迹

用途

处理Amber分子动力学轨迹,方便后续分析。功能包括:轨迹合并、采样、重设时间、截取部分原子、删除水和离子、成像居中和构象叠合。

阅读更多

【分子动力学教程】结合自由能计算(MM/PB(GB)SA)

用途

采用MM/PB(GB)SA方法对常规分子动力学轨迹进行结合自由能计算和能量分解,暂不支持计算熵、不支持膜蛋白。

阅读更多

【分子动力学教程】分子动力学模拟(Amber 20)

用途

使用Amber 20程序执行有机生物体系的常规平衡态分子动力学模拟,可采用显式溶剂模型和隐式溶剂模型(GB模型)。

阅读更多

【量化计算教程】量化计算(ORCA 4.2)

用途

采用ORCA 4.2程序进行量子化学计算。已实现的作业类型包括:单点能、几何优化、振动频率、ECD/UV、NMR、红外(IR)和拉曼光谱(Raman)计算。

阅读更多

【量化计算教程】量化计算(Gaussian 09)

用途

采用Gaussian 09程序进行量子化学计算。已实现的作业类型包括:单点能、几何优化、振动频率、ECD/UV、NMR、比旋光度计算。

阅读更多

【小工具教程】准备Amber文件

用途

为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系,暂不支持膜蛋白。

阅读更多

【小工具教程】处理PDB结构(进阶版)

用途

检查并修复PDB文件中常见的结构问题,为分子对接、分子动力学模拟等计算提供良好的三维结构。

阅读更多

【小工具教程】添加原子电荷

用途

为有机小分子添加原子电荷,并检查是否存在Amber GAFF力场所没有的拓扑参数。本工具提供两种计算电荷的方法——RESP拟合静电势和AM1-BCC。

阅读更多